Likt Kate Mosses första bok Labyrinten utspelar sig Kryptan under två tidsåldrar, förflutet och nutid vävs samman. Vi får följa syskonen Anatole och Léonie Vernier som lever med sin mor i Paris, år 1891. Anatole har sedan hans fästmö dog betett sig konstigt och när syskonens mor föreslår att han tar med sig sin yngre syster till deras moster i södra Frankrike över sommaren så nappar han direkt på erbjudandet. Han uppträder som att han är förföljd och tar krångliga vägar ut från Paris. Léonie förstår ingenting men låter honom hållas. Mostern (som är ingift, hon var gift med deras numera avlidne morbror) bor utanför den avlägsna byn Rennes-les-Baines, känd för sin kurort, på herrgården Domain de la Cade. Under en promenad hittar Léonie en övergiven visigotisk krypta. När hon går in i den händer mystiska saker, det känns som att det finns andra varelser därinne och hon tycker sig höra musik. I Domain de la Cades bibliotek hittar hon även en bok skriven av sin morbror so...